Há um grande número de hotéis e pousadas no Morro de São Paulo e tem para todos os gostos (e bolsos). Vai da pousadinha simples, hostel até o mais sofisticado dos hotéis. Partindo de Salvador existem várias opções para chegar no Morro de São Paulo. Se vier de carro a melhor opção é utilizar o sistema ferry boat, saindo do terminal marítimo São Joaquim, em Salvador com destino à Ilha de Itaparica, no Terminal Bom Despacho, onde é possível seguir pela rodovia BA-001, passando por Nazaré das Farinhas, até a cidade de Valença, no total de 105 km.
Chegando a Valença existem barcos convencionais e lanchas rápidas que saem para os dois destinos (Morro de São Paulo ou Boipeba). O trajeto pode durar de 30min à 1h30 mim.
Outra opção é seguir de Salvador direto para Morro por via marítima. Em frente ao Mercado Modelo saem vários catamarãs em horários diferentes. A viagem dura em média 2 horas e 20 minutos.
Para os que querem uma viagem mais rápida e panorâmica a opção é via aérea. Existem voos diretos que saem do Aeroporto Internacional Luiz Eduardo Magalhães. A duração da viagem é de aproximadamente 30 min.
Apenas duas empresas operam no trajeto, por isso vale à pena fazer a reserva antecipadamente.